당시 수사과장은 "사회적으로 큰 사건이 아닌 종교 내부갈등으로 판단했기 때문에 수사결과를 발표하지 않았고, 범죄와의 관련성이 없다고 판단해 묘 발굴도 하지 않았다"고 밝혔다.

그러나 이 사건에 대한 고소장이 접수되면서 수사는 새로운 국면으로 접어들었다.

대구지방검찰청은 최근 허병주 목사 외 1인이 고소한 토함산 불법 암매장 의혹 사건을 류경환 검사실(경주지청 2016형제8880호)에 배당한 것으로 알려졌다.

고소인들은 유족 대표들을 상대로 '장사 등에 관한 법률 위반죄' 혐의로 고소했고, 천부교 박윤명 회장을 비롯한 10명을 상대로는 사체 은닉 혐의를 추가해 고소했다.

허병주 목사 외 1인은 유족 대표들을 상대로 한 고소장에서 "피고소인들은 천부교 전도관의 신앙촌 안에서 지내온 자들(또는 가족 지인들)로서 이 사건 묘지가 경주시장의 허가를 받지 아니한 불법묘지임에도 타인의 눈을 피해 새벽 3시에 매장을 했고, 매장 후 30일 이내에 관할관청에 신고를 하지도 않았다"고 주장했다.

천부교 측 책임자를 상대로 낸 고소장에서는 천부교 측의 불법 암매장 의혹을 제기했다.

허 목사 외 1인은 고소장에서 "신앙촌을 탈출한 신도들의 증언에 따르면 신앙촌 안에서 생활하는 신도들이 노동착취를 당해 건강이 악화되거나 원인을 모르는 사망에 이르는 반인권적, 비인간적인 경우를 당해도 책임자들은 이를 방치했다"고 주장했다.