박근혜 정권 탄생 과정에서 빚어진 국가정보원의 국내정치 개입 의혹 수사를 책임졌던 윤 검사가 수사팀장으로 가게 되면 특검이 지원받을 수 있는 20명의 파견검사 가운데 한 명으로 합류하게 되며 대구지검 특수부장, 대검 중수부 1·2과장, 서울중앙지검 특수1부장 등을 거치며 특수수사로 정평 난 검사로 국정원의 18대 대선 등 국내정치 개입 의혹 사건 특별수사팀장을 맡았던 2013년 국정감사에서 법무·검찰 수뇌부의 외압을 폭로하며 “저는 사람에게 충성하지 않는다”고 말해 ‘국민검사’ 호칭을 듣기도 했다.

윤 검사는 참여정부 당시 대선자금 수사팀에서 대통령 측근을 잇달아 구속하는 등 외풍에 자유로운 성정으로 유명하다.